Авлигатай тэмцэх үндэсний хөтөлбөрийг сурталчилж, авлигын эсрэг ажлыг эрчимжүүлэх чиглэлээр төрийн байгууллагуудын үйл ажиллагааг идэвхжүүлэх зорилгоор АТГ-аас төрийн байгууллагуудад ажиллаж эхэллээ. Үндэсний хөтөлбөрийг хэрэгжүүлэх ажлын хүрээнд АТГ-аас байгуулсан долоон баг өнөөдрөөс  яам, агентлаг, нийслэл, дүүргийн төр, захиргааны байгууллагад ажиллаж буй юм. 

Тэдний нэг баг нь өнөөдөр Эрүүл мэндийн яаманд ажиллаж байна.  Энэ үеэр Авлигатай тэмцэх үндэсний хөтөлбөрийг сурталчлах, Авлигын эсрэг хуулийн хэрэгжилттэй танилцах, иргэдээс гомдол, мэдээлэл хүлээн авах, авлигын эрсдэлийн үнэлгээ хийх, сургалт зохион байгуулах, арга зүйн туслалцаа үзүүлэх зорилготой тав хоног ажиллах юм байна.